국회 기획재정위원회 임이자 위원장(국민의힘, 경북 상주·문경)은 14일, 기획재정부 조세분야 국정감사에서 농업인 지원사업 활성화 및 농업인 소득안정을 위해 올해 말 일몰 예정인 ‘조세특례제한법’의 ‘비과세예탁금’과 ‘조합법인 법인세 저율과세’의 연장 필요성을 지적했다.

임이자 위원장은 “정부가 내놓은 연장안은 조합법인에 대해 법인세율을 3p% 인상해 현행보다 큰 부담을 지우는 상황”이라며, “어려운 농촌경제의 현실을 감안해 현행과 제도의 유지가 필요하다”고 지적했다.

지난 13일, 기재위 국정감사 1일차에서 정부의 CPTPP 가입 검토에 대한 농업계의 우려를 전달한 임이자 위원장은 ‘조세특례제한법’ 상 일몰조항 연장으로 인한 농촌경제의 어려움을 추가로 전달했다.

임이자 위원장실이 농협중앙회로부터 제출받은 자료에 따르면, 현재 농협의 손익구조는 신용사업에서 얻은 수익으로 농업인 지원과 유통사업을 뒷받침하는 상황으로, 정부가 ‘비과세예탁금 소득기준’을 도입할 경우, 우량 고객의 예금 이탈로 신용사업의 기반이 약화되어 농업인 지원사업과 배당이 축소될 우려가 제기된다.

제도 개편 시 약 2조7,498억 원의 예금이 빠져나가고, 이익이 최소 586억 원 이상 감소할 것으로 농협중앙회는 추정했다.

반면, 시중은행의 ISA 계좌에는 소득제한이 없어, 상호금융 예탁금에만 소득기준을 적용하는 것은 과세 형평성 측면에서도 부적절하다는 지적이 있고, 이 외에 법인세 인상 또한 농업인에게 부담이 전가되는 결과로 나타난다.

농협은 농업인이 100% 출자한 협동조합 형태의 경제 공동체로, 농협의 모든 재산과 이익금이 곧 농업인 조합원의 재산인데, 정부는 조합법인에 대해 법인세율을 3%p 인상해 세율 변동이 없는 일반법인에 비해 세부담이 더 커지는 불합리한 구조를 만들었다.

임이자 위원장은 “농협 손익구조 및 농업인 배당 현황과 비과세예탁금 소득 기준 도입 시 추정자료를 보면, 농업인의 이익이 감소한다”며, “이 부분에 대한 과세 형평도 맞지 않다”고 지적했다.

현행 ‘조세특례제한법’ 제89조의3 제1항은 농민·어민 및 상호 유대를 가진 조합원이 1인당 3천만원 이하로 가입한 예탁금에서 발생하는 이자소득에 대하여 비과세와 저율 분리과세 혜택을 부여하고 있으며, 2007년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 발생하는 이자소득은 전액 비과세가 적용되고, 2026년 1년 동안은 5% 분리과세를 적용하고, 2027년 1월부터는 9%의 분리과세로 전환된다.

이와 함께, 동법 제72조 제1항은 ‘농업협동조합법’에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인의 소득에 대해 일반 법인과 달리 상대적으로 낮은 세율로 법인세를 부과하도록 규정하고 있으며, 이 조합법인들은 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지는 당기순이익에 대해 9%의 법인세율이 적용되고, 당기순이익이 20억원(일부 조건에서는 40억원)을 초과하는 경우 그 초과분에는 12%의 세율이 적용된다. 이러한 저율과세는 농업 관련 조합의 세 부담을 경감하고, 농촌경제 활성화를 지원하기 위해 도입됐다.

임이자 위원장은 어려운 우리 농촌의 현실에 대해 “농산물 시장 개방, 잦은 가축 질병 및 이상기후의 발생, 농가인구의 감소와 고령화 등으로 고통받고 있다”며, “정부 예산 중 농림축산분야의 비중이 ’15년도 5.1%에서 ‘25년도 3.8%로 감소했고, 조세 감면도 ’15년도 19.1%에서 ‘25년도 8.4%로 줄었다”고 말했다.

이어, “농업과 농촌의 어려움을 반영해서 ‘비과세예탁금’과 ‘조합법인 법인세 저율과세’를 현행 수준으로 연장해달라는 요청이 많다”며, 이에 대한 정부의 입장을 물었다.

구윤철 경제부총리 겸 기획재정부장관은 “조세특례제한법 상의 특례를 모든 분들이 연장해달라고 하신다”며, “농촌에 계시는 분들을 살펴보고, 특례가 종료되었을 때 얼마나 어려움이 있는지 살펴보겠다”고 답했다.

끝으로 임이자 위원장은 “농해수위 어기구 위원장, 송미령 농림부 장관과 이 부분에 대해 의견을 나눴고, 두 분 다 필요성에 공감했다”며, “경제의 사령탑인 구윤철 경제부총리가 연장하는 걸로 검토해주길 간곡히 부탁한다”고 말하였다.

임이자 위원장은 지난 10월 15일, 해당 내용을 담은 ‘조세특례제한법 일부개정법률안’을 발의했다.